El modelado kárstico de la zona también se ha visto favorecido por su particular orografía, cuya brusca elevación sobre las depresiones diapíricas de Mena y Orduña, fuerza el repentino ascenso de las masas de aire procedentes del Cantábrico hacia niveles más fríos, con el consiguiente aumento de precipitaciones. El hecho de que los desniveles sean mucho más moderados para los valles meridionales de vertiente mediterránea, que para los septentrionales de vertiente cantábrica, ha provocado una intensa erosión remontante en ésta última, destacando el Cañón del Nervión, y espectaculares capturas de cuenca, entre las que destaca la de San Miguel el Viejo, debido al retroceso del cortado. Entre las capturas subterráneas de cuenca debemos citar la del Sistema de Pozalagua, uno de los ejemplos más significativos de toda la divisoria de cuencas.
Dentro de las formas exokársticas merecen destacarse, por su espectacularidad, las grandes depresiones de El Hoyo (Lloréngoz) y de Monte Santiago (Berberana). La primera es una espectacular llanada de más de un kilómetro longitudinal y 500 m de anchura en la que se origina el Sistema de Pozalagua.
En Monte Santiago destacan las depresiones de Las Paúles (400 x 150 m), directamente relacionada con el Complejo Kárstico de Monte Santiago, Larrasquito (300 x 200 m), muy próxima a las surgencias de Ojo Lezea y Tortatela, y Hoyo Biguri (150 x 100 m). Ya en dirección a Peña Alta se localiza la zona deprimida conocida como Alto de los Hoyos de Murgueña, cuya toponimia ya alude al origen del fenómeno, a partir de la coalescencia de varias dolinas.
La zona de Gurdieta, en la Sierra de la Carbonilla, debemos citarla, una vez más, por las grandes depresiones que la caracterizan, a menudo salpicadas de grandes dolinas, lapiaces y cruzadas por las ya descritas "callejas". En la Sierra Salvada alavesa también existen depresiones con tamaños considerables, a menudo con diferentes simas abiertas en su interior.
Las líneas de fractura también se adivinan en las alineaciones de dolinas, a menudo de paredes escarpadas debido a hundimientos, con diámetros y profundidades de varias decenas de metros, que llegan a ser espectaculares en Gurdieta y Castro Grande. También se evidencian en sus kilométricas "callejas" que, en ocasiones, han provocado el hundimiento de grandes conductos corticales. También son significativas las alineaciones localizadas en el sector alavés de Sierra Salvada, en Peña Orduña y en Monte Santiago. En Pozalagua y Monte Santiago son más características las dolinas de disolución, con paredes más suaves y con formas en embudo.
La mayor parte del karst que estudiamos todavía conserva una cobertera edáfica, por lo que los afloramientos de la caliza son limitados y las zonas con lapiaz desnudo son reducidas. En consecuencia, el lapiaz más extendido es el redondeado, visible tan sólo en las zonas donde el suelo está desmantelándose. Los sectores con lapiaz desnudo proporcionan el característico lapiaz de diaclasas, localizándose principalmente en Peña Alta, NE de Múrita, Trebejo, Puerto de Angulo y Gurdieta en lo referente al territorio burgalés y en Eskutxi, Peña del Aro y Portillo del Abate en territorio alavés.
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